Alla fine degli anni ottanta gli organi accademici dell'Università degli Studi di Milano predisposero un programma per il reperimento di nuovi spazi da dedicare ad attività di ricerca innovative in settori strategici e per estendere l'offerta didattica anche a campi disciplinari in cui l'intervento pubblico locale era assente.

Il Ministero dell'Università e della Ricerca Scientifica, con il piano triennale 1991-1993 predisposto dal Ministro Ruberti, propone per la programmazione lo strumento dei piani pluriennali di sviluppo e per il decongestionamento lo sdoppiamento delle università con più di 40.000 iscritti. L' Università di Milano, indicata come uno dei megatenei da decongestionare, viene autorizzata alla costituzione di poli universitari nell'area urbana.

La finanziaria del 1993, legge 498 art. 3, autorizza gli Enti Previdenziali ad acquisire immobili da concedere in locazione ad Università ed Enti di ricerca pubblici, utilizzando fino al 20% dei fondi disponibile per gli anni 1993 e 1994.

Nel settembre 1993 il Comune di Milano, con delibera della giunta, indica l'area della Bicocca per l'insediamento del nuovo polo dell'Università di Milano.

Il Consiglio di Amministrazione dell'Università degli Studi di Milano delibera di ricorrere a quanto previsto dalla legge 498, inoltrando al MURST la richiesta per la realizzazione degli edifici da destinare alle iniziative didattiche e di ricerca previste per il secondo Ateneo: ubicazione degli edifici sull'area della Bicocca, ad eccezione di quello necessario per lo sdoppiamento della Facoltà di Medicina e Chirurgia da costruirsi a Monza, nelle adiacenze dell'Ospedale San Gerardo.

Il MURST, su parere di una Commissione Interministeriale composta da rappresentanti dei Ministeri dell'Università e della ricerca Scientifica, del Tesoro, del Lavoro e della Previdenza Sociale, approva le proposte dell'Università e autorizza la costruzione di quanto richiesto. Il 25 febbraio 1997 tra il MURST e l'Università degli Studi di Milano è sottoscritto un verbale di intesa con cui si concorda di avviare le procedure per lo sdoppiamento dell'Università mediante l'istituzione di un secondo Ateneo

Il 10 giugno 1998 un Decreto Ministeriale istituisce la "seconda Università degli Studi di Milano"; un successivo Decreto del il 9 luglio 1998 nomina il Comitato Ordinatore che rimarrà in carica fino alla costituzione del Senato Accademico e del Consiglio di Amministrazione. Un ulteriore Decreto Ministeriale, il 12 marzo 1999, modifica sia il nome in Università di MILANO - BICOCCA sia la composizione del Comitato Ordinatore portandolo da dieci a dodici membri compreso il Presidente.

Il Comitato Ordinatore rimane in carica fino al 30 ottobre 1999 assolvendo le funzioni del Senato Accademico e del Consiglio di Amministrazione. In un anno e mezzo riesce ad assolvere agli adempimenti previsti dal decreto istitutivo dell'Università ed indice le votazioni per il Rettore ed il Consiglio di Amministrazione.

Il primo novembre 1999 entrano in carica gli attuali Organi Accademici.

Il 12 ottobre 2000 sono state indette le elezioni del Senato Accedemico Integrato che ha approfonditamente discusso ed elaborato lo Statuto dell'Ateneo, approvato con D.R. 06243 dell'11/06/2003 e pubblicato in G.U. il 02/07/2003.

Il campus Bicocca sorge nell'omonimo quartiere milanese un tempo sede di grandi industrie come Pirelli e Breda. Il nuovo Ateneo si inserisce in un ampio progetto avviato intorno al 1986 e coordinato dall'architetto Vittorio Gregotti.

I ventuno edifici occupati dall'Università sono tutti localizzati nel quartiere Bicocca a eccezione della sede della facoltà di Medicina e Chirurgia che si trova a Monza nei pressi dell'Ospedale San Gerardo, polo ospedaliero universitario.

Presso il Polo Bicocca sono stati ultimati i lavori di ristrutturazione e ampliamento dell'edificio denominato U9, che ospita, oltre a laboratori impegnati su specifiche tematiche di ricerca interdipartimentali, il Centro di Produzione Multimediale d'Ateneo, e un settore didattico interfacoltà.
E' stato ultimato l'edificio U14, collocato nell'ex area Breda, avente una superficie di 4.500 metri quadri, dove già opera il Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Comunicazioni.

Di fronte a questo edificio, l'Università è entrata in possesso di una struttura analoga, con annessi alcuni capannoni industriali, che andranno ristrutturati per poter ospitare accanto ad attività istituzionali, anche iniziative spin-off e start-up, in particolare collegate ad aziende biotecnologiche e farmaceutiche che vorrebbero insediarsi all'interno del polo di Bicocca.

L'impostazione originaria del Polo di Monza mirava alla costituzione di un sito per la ricerca e la didattica della Facoltà di Medicina e Chirurgia strettamente connesso all'Ospedale San Gerardo, con il quale l'Università è convenzionata.

Per far fronte alla notevole crescita delle attività scientifiche e didattiche, queste ultime dovute in parte all'istituzione delle nuove lauree tecnico-sanitarie, si è realizzato, in prossimità della sede della Facoltà di Medicina, un nuovo edificio per la didattica, denominato U18. Grazie ad un accordo con l'Ospedale S. Gerardo, l'Università di Milano-Bicocca usufruisce, per le proprie attività scientifiche, di un settore dell'edificio denominato "Villa Serena", situato nell'area ospedaliera.

Sempre in tema di collaborazione con l'Ospedale, l'Ateneo ha realizzato, concentrando risorse del MiUR e della Regione Lombardia, il centro di Bioimmagini, una delle iniziative di ricerca dell'Ateneo più rilevanti in campo sanitario: la struttura è finalizzata allo studio di nuovi metodi diagnostici nel settore oncologico, neurologico e cardiovascolare ed è stata in grado di effettuare 3.500 esami diagnostici, di particolare complessità, nei due anni di attivazione. Tale iniziativa comprende il padiglione della Pet-TC al quale si affiancherà, entro il 2009, il bunker che ospiterà il ciclotrone per la produzione "on-site" di radiofarmaci.

Per garantire una efficace conduzione del centro e delle attività di ricerche connesse e per promuovere, organizzare e gestire, per conto anche di altre aziende ospedaliere, strutture di alta tecnologia bio-medica, l'Università ha istituito una Fondazione denominata TECNOMED.

La Regione Lombardia, interessata allo sviluppo della ricerca nei settori della biologia molecolare, cellule staminali e nanotecnologie, e a favorire il processo di trasferimento tecnologico mediante la collaborazione con aziende del settore, ha contribuito, con una quota pari al 48%, al finanziamento per la realizzazione di un nuovo edificio di 10.600 mq destinato per il 68% a laboratori, che sorgerà nel territorio del Comune di Vedano al Lambro.

Le diverse iniziative della Facoltà di Medicina potranno trarre, inoltre, notevole beneficio dalla disponibilità sul territorio di servizi ricettivi per studenti e per ricercatori italiani e stranieri.

A questo fine, l'Amministrazione Comunale di Monza si è resa disponibile a favorire la realizzazione di residenze per studenti e ricercatori ed inoltre a prendere in considerazione il potenziamento delle attuali strutture per la didattica e la ricerca in nuovi settori, in particolare Scienze Economiche da affiancarsi al corso, già attivo, in Scienze dell'Organizzazione.