METODOLOGIE BIOINFORMATICHE

Scheda dell'insegnamento

Anno accademico di regolamento: 
2016/2017
Anno di corso: 
1
Anno accademico di erogazione: 
2016/2017
Tipo di attività: 
Obbligatorio a scelta
Crediti: 
6
Ciclo: 
Primo Semestre
Ore di attivita' didattica: 
43
Prerequisiti: 

Non è richiesto alcun prerequisito per la frequenza al corso

Moduli

Metodi di valutazione

Modalita' di verifica dell'apprendimento: 

ORALE

Valutazione: 
Voto Finale

Obiettivi formativi

Introdurre le tecniche computazionali di base per l'analisi e l'elaborazione di dati nell'ambito della biologia molecolare

Contenuti

Tecniche computazionali di base per l'analisi e l'elaborazione di dati nell'ambito della biologia molecolare

Programma esteso

Introduzione alle tecniche di progetto e analisi degli algoritmi
- Programmazione dinamica e distanza di edit tra sequenze
- Allineamenti globali e locali; allineamenti multipli; BLAST, FASTA, CLUSTALW
- Algoritmi di pattern matching esatto e loro applicazioni alla ricerca di motivi funzionali in sequenze di DNA e in proteine
- Pattern discovery: metodi "pattern driven" e "sequence driven". Gibbs sampler. Weeder
- Ricostruzione e confronto di alberi filogenetici
- Metodi Bayesiani; Hidden Markov Models
- Tecniche di classificazione e raggruppamento
- Introduzione al Data Mining: il ciclo di Knowledge Discovery and Extraction.
- Importazione e ripulitura dati.
- Preprocessing e Feature Selection.
- Apprendimento e validazione.
- Classificazione: Supervisionata e non Supervisionata.
- Decisionn trees.
- Modelli Bayesiani: Naive Bayes, Tree Augmented Naïve Bayes, Bayesian Belief Networks
- Nearest neighbor methods.
- Reti di Neuroni Artificiali: Single e Multi Layer Perceptron, Radial Basis Function Networks, Adaptive Resonance Theory Networks, Self-Organizing Maps.
- Support Vector Machines: Lineari e Non Lineari.
- Performance Estimation.
- Precision, Recall, Accuracy, Error.
- Hold-Out, Repeated Hold-Out, k-Folds Cross Validation.
Clustering: Algoritmi Gerarchici e di partizionamento.

Metodi didattici

LEZIONI FRONTALI