DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

Scheda dell'insegnamento

Anno accademico di regolamento: 
2017/2018
Anno di corso: 
2
Anno accademico di erogazione: 
2018/2019
Tipo di attività: 
Obbligatorio a scelta
Lingua: 
Italiano
Crediti: 
6
Ciclo: 
Secondo Semestre
Ore di attivita' didattica: 
50
Prerequisiti: 

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

Nessuno

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Conoscenze di base di Python

Moduli

Metodi di valutazione

Modalita' di verifica dell'apprendimento: 

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

Agli studenti divisi in piccoli gruppi (max 3 persone) verrà richiesto di sviluppare progetti inerenti alle tematiche affrontate in aula.

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Esame orale durante la quale verranno poste domande per la comprensione della conoscenza dei principi di base della variabilità biologica.

Relazione sulla parte di laboratorio.

Valutazione: 
Voto Finale

Obiettivi formativi

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

L'obiettivo di questo modulo è quello di fornire allo studente gli strumenti computazionali necessari a

gestire e manipolare il dato grezzo
reperire le informazioni necessarie dalle basi dati esistenti
comprendere e applicare in autonomia le analisi più semplici sui dati

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Obiettivo di questo modulo è quello di comprendere la variabilità del dato biologico.

Questo tipo di dato è per sua stessa natura complesso perché è fortemente influenzato dall'ambiente nel quale l'organismo, da cui il dato biologico deriva, è nato, cresciuto, vissuto, vive e (per certi versi) vivrà.

Il risultato è che il dato biologico si deve sempre "accompagnare a dei metadati" che sono essenziali per interpretare la sua variabilità.

Contenuti

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

La struttura del genoma e l'importanza di interpretare correttamente le sequenze. Dai marcatori molecolari ed il barcoding al sequenziamento whole genome.
Dai segnali al dato. Breve introduzione ai metodi sperimentali in Biologia ed in particolare al sequenziamento.
Le basi di dati in biologia. Panoramica delle principali basi di dati, della loro struttura e contenuto.
Lab hands-on:

Manipolazione dei dati da sequenziamento
Metagenomica. Dai dati grezzi alla loro interpretazione

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Origine del dato biologico

- I livelli della variabilità biologica: geni, individui, popolazioni, specie

- Genotipo, fenotipo e ambiente e loro rapporto

- Una classificazione dei dati biologici (con cenni di trattamento dei dati)

- Esperienze pratiche (laboratorio): i dati biologici, la loro gestione ed analisi

Programma esteso

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

- Origine del dato biologico. Il dato biologico è il risultato di un processo evolutivo. In questa sezione verranno dettagliati i principali processi evolutivi che sono alla base della generazione del dato biologico.

- I livelli della variabilità biologica: geni, individui, popolazioni, specie. La variabilità del dato biologico è osservabile a diversi livelli gerarchici che in questa sezione verranno dettagliati.

- Genotipo, fenotipo e ambiente e loro rapporto. La complessità del dato biologico è rappresentata dall'interazione tra genotipo, fenotipo e ambiente che si intrecciano dando origine a risultati tra loro differenti (gli individui).

- Una classificazione dei dati biologici (con cenni di trattamento dei dati). I principali dati biologici sono oggi quelli basati sul DNA e sulle proteine. In questa sezione verranno analizzate le diverse tipologie.

- Esperienze pratiche (laboratorio): i dati biologici, la loro gestione ed analisi. Questa è la parte essenziale del modulo. Dopo la parte introduttiva gli studenti verranno guidati in esperienze di laboratorio in cui verranno maneggiati principalmente dati a DNA per familiarizzare con la loro analisi.

Bibliografia consigliata

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Lucidi mostrati a lezione e articoli scientifici. Il materiale è a disposizione sulla pagina e-learning.

Metodi didattici

DATA SCIENCE LAB IN BIOSCIENCES

Lezioni e sessioni in laboratorio informatico

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MAKING SENSE OF BIOLOGICAL DATA

Lezioni frontali ed esperienze di laboratorio.