Il modulo di Bioinformatica prevede una prima parte dedicata alla generazione di dati di sequenza con tecnologie NGS ed alla loro gestione in banche dati pubbliche, ed una seconda parte dedicata ai principali problemi di analisi di questi dati attraverso algoritmi efficienti.
1) Il ruolo dei dati nelle scienze della vita
2) Generazione di dati genomici: la tecnologia NGS
3) Banche dati di interesse biomedico: Struttura, formati, strumenti di accesso
4) Allineamento di sequenze, Motivazioni, Matrici a punti, Matrici di sostituzione PAM, BLOSUM, Allineamento globale: Algoritmo di Needleman-Wunsch, Allineamento locale: Algoritmo di Smith-Waterman, Algoritmi euristici: Blast,Fasta, BWA, Allineamento multiplo.
5) Systems biology e systems medicine: modellazione e simulazione di processi biologici.
Il modulo di Biostatistica si articola in tre parti: la prima relativa alla statistica descrittiva, la seconda alla statistica inferenziale, la terza relativa all’interpretazione di articoli scientifici. Le parti prima e seconda presentano le seguenti caratteristiche:
1) includono aspetti metodologici di disegno dello studio e programmazione dell’esperimento
2) vengono erogate nella forma di riflessione su particolari esempi applicativi
3) prevedono l’uso del pacchetto applicativo per l’analisi dei dati R (freeware)
Parte prima - Generalità sulla statistica descrittiva, Principali rappresentazioni tabellari e grafiche di dati variabili qualitative e quantitative, Indicatori di ordine di grandezze e dispersione di un fenomeno, Distribuzione Gaussiana, Elementi di calcolo delle probabilità
Parte seconda - Generalità sulla statistica inferenziale, Verifica di ipotesi nulle relative alla media di variabili continue, Test T in disegno semplice ed appaiato, Verifica di ipotesi nulle relative alla associazione per variabili categoriali, Test chi quadrato, Verifica di ipotesi nulle relative alla proporzione di variabili dicotomiche: Test McNemar, Cenni all’analisi della varianza, Studio della potenza del test e calcolo della dimensione del campione.
Parte terza - Lettura, interpretazione, riflessione metodologica basata su articoli scientifici.
