1. La gestione dei dati nelle scienze della vita
2. L’informatica essenziale
2.1. Algoritmi e programmi
2.2. Alfabeti, parole, grafi
2.3. Basi di dati
3. La tecnologia NGS
3.1. Piattaforme NGS di seconda generazione
3.2. Piattaforme NGS di terza generazione
3.3. Il formato dei dati genomici
3.4. Ricostruzione e annotazione di genomi
4. Basi di dati di sequenze molecolari
4.1. Basi di dati Genomiche (EMBL – GenBank)
4.2. Basi di dati di sequenze proteiche (SwissProt, PDB)
4.3. I sistemi di interrogazione delle Basi di Dati
5. Analisi di sequenze in biologia molecolare
5.1. Algoritmi di String matching esatto
5.2. Allineamento di sequenze
5.2.1. Motivazioni
5.2.2. Matrici a punti
5.2.3. Matrici di sostituzione PAM, BLOSUM
5.2.4. Allineamento globale: Algoritmo di Needleman-Wunsch
5.2.5. Allineamento locale: Algoritmo di Smith-Waterman
5.2.6. Algoritmi euristici: BLAST, Fasta, BWA
5.2.7. Allineamento multiplo; CLUSTALW
6. Ricerca di motivi funzionali in sequenze
6.1. Alberi di suffissi
6.2. Algoritmi di pattern discovery
7. Analisi del trascrittoma
7.1. Annotazione di geni e trascritti alternativi
7.2. Analisi di dati RNA-seq
8. Evoluzione molecolare: ricostruzione di alberi filogenetici
8.1. Algoritmi di Clustering
8.1.1. k-means
8.1.2. Neighbor joining
8.1.3. UPGMA
8.1.4. Metodi di massima parsimonia
8.1.5. Metodi di massima verosimiglianza